Kornel Morawiecki w 1968 uczestniczył w strajkach studenckich. Po ich stłumieniu, wspólnie z Jerzym Petryniakiem, Zdzisławem Ojrzyńskim, Piotrem Plenkiewiczem oraz Ryszardem Trąbskim, drukował i kolportował ulotki potępiające ówczesne władze komunistyczne za represje wobec protestujących. W podobnym zespole wydawał ulotki przeciwko interwencji wojsk Układu Warszawskiego w Czechosłowacji w sierpniu 1968, a następnie przeciwko stłumieniu przez władze protestów robotniczych w grudniu 1970. W 1979 związał się od drugiego numeru z wydawanym we Wrocławiu drugoobiegowym periodykiem „Biuletyn Dolnośląski”. W tym samym roku wraz z grupą znajomych witał papieża Jana Pawła II w Warszawie, Częstochowie i Krakowie podczas pierwszej pielgrzymki do Polski biało-czerwonym transparentem z napisem „Wiara i Niepodległość”.
W sierpniu 1980 wraz z „Biuletynem Dolnośląskim” włączył się w organizowanie strajków we Wrocławiu. We wrześniu 1980 r. brał udział w organizowaniu regionalnych struktur „Solidarności”. Wraz z Nikołajem Iwanowem i zespołem „Biuletynu Dolnośląskiego” drukował po rosyjsku odezwy do żołnierzy radzieckich stacjonujących w Polsce.
Po wprowadzeniu stanu wojennego 13 grudnia 1981 uniknął internowania, gdyż przewoził wieczorem sprzęt poligraficzny. Z zespołem „Biuletynu Dolnośląskiego” zaangażował się w działalność podziemną. Korzystając z zakonspirowanej struktury, rozpoczął działalność poligraficzną. Pierwszy numer drugoobiegowego pisma „Z dnia na dzień” był drukowany w nocy z 13 na 14 grudnia i został kolportowany od rana 14 grudnia we Wrocławiu. Zajął się także wydawaniem prasy i wydawnictw Regionalnego Komitetu Strajkowego „Solidarność” we Wrocławiu, był upoważniony przez przewodniczącego regionu Władysława Frasyniuka do wydawania i podpisywania oświadczeń w imieniu RKS.
Na przełomie maja i czerwca 1982 założył organizację Solidarność Walcząca (początkowo posługującą się nazwą Porozumienie Solidarność Walcząca).
9 listopada 1987 Kornel Morawiecki został zatrzymany przez funkcjonariuszy Służby Bezpieczeństwa we Wrocławiu. Przetransportowano go do Warszawy i osadzono w areszcie na Rakowieckiej. W marcu 1988 Zbigniew Romaszewski wystosował w jego sprawie list do Amnesty International w Londynie, ale organizacja ta nie wciągnęła go na listę więźniów sumienia, gdyż stwierdziła, że musi wyjaśnić, czy nie był on związany z działalnością terrorystyczną. Z inicjatywy Konfederacji Polski Niepodległej w USA powstał Komitet na rzecz Uwolnienia Kornela Morawieckiego. Jan Olszewski (który miał być jego obrońcą w planowanym procesie) namówił go do wyjazdu wraz z Andrzejem Kołodziejem do Włoch. Kornel Morawiecki opuścił kraj 30 kwietnia 1988. Po trzech dniach, podczas próby powrotu, został deportowany z lotniska w Warszawie do Wiednia. Udało mu się powrócić konspiracyjnie do Polski pod koniec sierpnia 1988. Ujawnił się dopiero w czerwcu 1990.